一种与绵羊奶乳糖率相关的SNP分子标记及其应用

一种与绵羊奶乳糖率相关的snp分子标记及其应用
技术领域
1.本发明涉及一种与绵羊奶乳糖率相关的snp分子标记及其应用，属于绵羊snp分子标记技术领域。


背景技术：

2.绵羊奶中的乳糖是乳汁中的一种重要碳水化合物，具有调节乳汁渗透压，并能为羔羊提供能量的主要物质。葡萄糖经过乳腺上皮细胞合成后形成乳糖，哺乳期的绵羊血液中70%以上的葡萄糖都会参与该反应。一般情况下，乳汁中的乳糖率相对稳定，但也会收到营养水平、饲养环境等因素的影响。乳糖率变化对于哺乳期绵羊的生产管理、机体健康和羔羊生长具有重要意义。
3.在奶牛研究中，研究人员发现牛奶中的乳糖率与奶牛的健康密切相关；主要体现在患有乳房炎的个体往往除了表现出较高的体细胞数性状外，还会导致乳糖率的下降。一些报道直接指出，奶中的乳糖率与其体细胞数存在负相关遗传。在牧场管理和育种工作中，乳糖率信息也被认为是体细胞数指标和乳房炎的重要补充信息。并且，在淘汰奶牛中，其乳糖率通常也表现较低。据报道，dgat1和prl等基因多态性（snp变异）与牛奶中的乳糖率存在显著相关关系。
4.目前，尚没有发现与绵羊奶乳糖率性状紧密相关的snp位点。


技术实现要素：

5.本发明公开了一种与绵羊奶乳糖率相关的snp分子标记及其应用，通过本发明公开的特异性引物，所检测的snp位点突变信息可以用于绵羊高乳糖率（低乳房炎患病率）性状的分子标记辅助选育工作。
6.为实现绵羊奶乳糖率的分子鉴定和未来的分子标记辅助选择高乳糖率（低乳房炎患病率）绵羊品种，本发明采用如下技术方案。
7.一种与绵羊奶乳糖率相关的snp分子标记，其特征在于它位于第11号染色体第42139093处；其snp分子标记的多态性为a/g；所述snp位点信息基于的绵羊基因组序列信息版本号为ars-ui_ramb_v2.0，2020年11月。其中所述的snp分子标记的特异性引物，其特征在于，上游引物序列如seq id no: 1所示，下游引物序列如seq id no: 2所示；seq id no: 1：aagtccctgctcaagaacgaseq id no: 2：gagcctgtcagtgtggatca。
8.本发明进一步公开了所述的snp分子标记在预测绵羊奶乳糖率中的应用。实验结果显示绵羊第11号染色体第42139093处snp分子标记存在a/g突变，且与乳糖率性状显著相关；其应用可用于绵羊奶乳糖率性状的早期选育。同时本发明也公开了预测绵羊奶乳糖率高低的方法，其特征在于按如下的步骤进行：（1）颈静脉抽取目标绵羊的抗凝血（绵羊的dna从其颈静脉抗凝血中提取），并用于dna提取；
seq no.2：5
’‑
gagcctgtcagtgtggatca-3’3. 采集绵羊颈静脉抗凝血2ml，利用酚仿法提取目标个体dna；4. 以提取的dna为模板，利用步骤2中的snp分子标记的特异性引物进行pcr扩增，扩增程序为：95℃、5min，33
×
[95℃、30s，60℃、30s，72℃、30s]，72℃、8min，4℃保存；最终获得的pcr产物在1%琼脂糖中进行电泳，电泳结果如图1所示；5. 对步骤4中的pcr产物进行sanger测序，利用chromaspro软件对测序结果进行分析；根据测序峰图可将该snp位点基因型判定为aa、ag和gg型，如图2所示；6. 统计湖羊7-56天的乳糖率结果（平均数
±
标准误），可知：第11号染色体第42139093处基因型为gg时，其湖羊的7-56天平均乳糖率为5.63
±
0.08 %；第11号染色体第42139093处基因型为ag时，其湖羊的7-56天平均乳糖率为5.53
±
0.07 %；第11号染色体第42139093处基因型为aa时，其湖羊的7-56天平均乳糖率为5.20
±
0.39 %。
[0016]
经过spss单因素方差统计分析后，发现gg型湖羊7-56天平均乳糖率显著高于aa型湖羊（p《0.05）（图3）。
[0017]
根据7-56天湖羊乳糖率和基因型相关性分析结果，可在刚出生的湖羊中通过采血、提取dna后，经本专利基因分型即可判断其成年配种、生产后的乳糖率高低情况，并预测该羊患乳房炎的风险。为了选育乳糖率高（低乳房炎患病率）的绵羊群体，应不断选择保留羊群中第11号染色体第42139093处snp分子标记为g的基因后代，不断淘汰羊群中第11号染色体第42139093处snp分子标记为a的基因后代。


技术特征：
1.一种与绵羊奶乳糖率数性状相关的snp分子标记，其特征在于它位于第11号染色体第42139093处；其snp分子标记的多态性为a/g；所述snp位点信息基于的绵羊基因组序列信息版本号为ars-ui_ramb_v2.0，2020年11月。2.一种如权利要求1所述的snp分子标记的特异性引物，其特征在于上游引物序列如seq id no: 1所示，下游引物序列如seq id no: 2所示；seq id no: 1：aagtccctgctcaagaacgaseq id no: 2：gagcctgtcagtgtggatca。3.一种如权利要求1所述的snp分子标记在预测绵羊奶乳糖率中的应用。4.一种如权利要求1所述的snp分子标记在预测绵羊奶乳糖率中的方法，其特征在于按如下的步骤进行：（1）颈静脉抽取目标绵羊的抗凝血，并用于dna提取；（2）以提取的dna为模板，利用snp分子标记的特异性引物进行pcr扩增，pcr扩增的退火温度为60℃，并获得目标pcr产物；（3）对步骤（2）中的pcr产物进行sanger测序，分析其基因型（aa、ag、gg）；（4）结果判断：根据基因型不同判断绵羊奶乳糖率高低，以预测其患乳房炎的风险。5.权利要求4中所述的方法，其中绵羊的dna从其颈静脉抗凝血中提取。6.一种如权利要求1中所述的snp分子标记在选育高乳糖率（低乳房炎患病率）绵羊中的应用。7.一种利用如权利要求1中所述的snp分子标记选育高乳糖率（低乳房炎患病率）绵羊的方法，其特征在于：不断选择保留羊群中第11号染色体第42139093处snp分子标记为g的基因后代，不断淘汰羊群中第11号染色体第42139093处snp分子标记为a的基因后代。

技术总结
本发明提供了一种与绵羊奶乳糖率性状相关的SNP分子标记，它位于第11号染色体第42139093处；其SNP分子标记的多态性为A/G；所述SNP位点信息基于的绵羊基因组序列信息版本号为ARS-UI_Ramb_v2.0，2020年11月。本发明所提供的SNP分子标记，不受绵羊年龄和性别的限制，可用于绵羊奶乳糖率性状的早期选育。针对刚出生的小母羊收集血液样本后，经基因分型后即可预测其成年后奶样中乳糖率的高低；针对刚出生的小公羊收集血液样本后，经基因分型后即可知道其是否携带乳糖率高的遗传特性，以指导其配种并预测其后代母羊产奶的乳糖率情况以及评估后代母羊患乳房炎的风险。及评估后代母羊患乳房炎的风险。


技术研发人员：张效生 郭晓飞 张金龙 李义海 冯婧 姚大为 李玉鹏
受保护的技术使用者：天津市农业科学院
技术研发日：2022.03.01
技术公布日：2022/5/25