水稻粒长控制基因GS3的单倍型鉴定标记及其筛选方法与流程

水稻粒长控制基因gs3的单倍型鉴定标记及其筛选方法
技术领域
1.本发明涉及水稻基因控制技术领域，尤其是指水稻粒长控制基因gs3的单倍型鉴定标记及其筛选方法。


背景技术：

2.水稻是全世界最重要的粮食作物之一，如何提高水稻品种的产量，一直是科学家最主要的目标。禾谷类作物的产量很大程度上取决于其籽粒的大小。gs3是一个控制籽粒大小的主效qtl，它在调节籽粒和器官大小中发挥负调节子的功能。
3.分子标记是基于遗传物质dna基础上的多态性标记，依据标记和性状的关联关系，能够利用基因的功能标记或者紧密连锁标记，快速的鉴定品种所含有的功能基因。snp标记是数量最多、分布最广泛的一种分子标记。snp标记的开发是基于dna测序基础上的(davey等，genome-wide genetic marker discovery and genotyping using next-generation sequencing.nat rev genet.12:499-510.)，自从2005年454测序仪问世以来的十多年时间，二代测序技术不断完善，基因组测序效率大大提高，测序成本大幅度下降，大量物种的全基因组序列完成，极大地推进了功能基因组研究的进展。过去几十年里，全球科学家已经克隆了多个水稻基因以及上千份水稻种质资源测序，发现了大量的snp标记。
4.水稻作为单子叶植物研究的模式植物，同时也是全球最重要的粮食作物，对不同的品种进行重测序，利用重测序发现的snp标记，构建高密度的水稻单倍型图谱(hapmap)，利用全基因组关联分析(genome-wide association mapping,gwas)对重要农艺性状进行关联分析，确定重要农艺性状相关的候选基因位点，建立起一套高效快速、成熟稳定、成本低、通量高的基因型鉴定方法(huang等，genome-wide association studies of 14agronomic traits in rice landraces.nat genet.2010,42:961-967)，是分子生物学研究人员优先考虑的方向。
5.在水稻中，目前已经完成了4726份栽培稻品种的重测序，其中3243份由黎志康课题组完成，发表在gigascience上(the 3,000rice genomes project.,2014)，950份由韩斌课题组完成，发表在nat genet上(huang et al.,2010)(huang et al.,2012)，533份由华中农业大学水稻课题组完成，发表在nucleic acids res上(zhao et al.,2014)。2021年，四川农业大学钦鹏教授团队完成了33个水稻品种泛基因组的测序和拼装，获得了参考基因组级别的序列，发表在cell上(qin et al.,2021)。大规模的、高质量的水稻基因组测序的完成，为筛选功能基因单倍型奠定了坚实的基础。
6.gs3 cdna全长956bp，包含5个外显子，编码一个由232个氨基酸组成的跨膜蛋白。序列分析表明，与小粒品种相比，大粒品种gs3第2外显子中编码第55位半胱氨酸的密码子tgc突变成终止密码子tga，造成蛋白翻译提前终止(缺失了178个氨基酸)，从而使得类pebp结构域残缺并缺少其他3个功能域，这表明gs3编码的蛋白对粒重起负调控作用(fan et al.,2006)。
7.水稻品种之间存在差异，实质上是水稻品种间基因型的差异，而dna分子标记可以
直接反映基因水平上的差异。本发明使用的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,snp)所反映的dna遗传变异更多体现在单个碱基的变异水平，在一定程度上弥补了第一代分子标记(如：限制性片段长度多态性，rflp)和第二代分子标记(如：微卫星dna多态性，ssr)方法的不足，所以被称为第三代基因遗传标记方法。snp的主要优点有：密度高、分布广，在水稻中则每232bp出现1个snp；可快速实现高通量检测，易实现自动化分析。
8.水稻种群的基因有着丰富的多样性和复杂的作用机制，是水稻育种改良的遗传基础。长期以来，在全球科学家的努力下极大的丰富了水稻种质资源和水稻优良基因多样性的数据库，这为开展水稻全基因组分子设计育种提供足够的基因来源和育种亲本精确选择的遗传信息，为培育高产、优质、多抗水稻新品种奠定基础。本发明基于功能基因开发精准鉴定标记，并将研究成果运用到水稻遗传改良中。


技术实现要素：

9.本发明要解决的技术问题是提供水稻粒长控制基因gs3的单倍型鉴定标记及其筛选方法，利用分子标记鉴定水稻品种的功能基因，来判断水稻品种的表型，更高效、更直接。
10.为了解决上述技术问题，本发明采用如下技术方案：
11.水稻粒长控制基因gs3的单倍型鉴定标记，所述单倍型分子标记由9个snp位点组成，snp位点信息如下：
12.snp1所在基因组位置为3号染色体16735870bp，该处碱基为t；
13.snp2所在基因组位置为3号染色体16738719bp，该处碱基为c；
14.snp3所在基因组位置为3号染色体16748214bp，该处碱基为c；
15.snp4所在基因组位置为3号染色体16749678bp，该处碱基为c；
16.snp5所在基因组位置为3号染色体16751964bp，该处碱基为t；
17.snp6所在基因组位置为3号染色体16758967bp，该处碱基为a；
18.snp7所在基因组位置为3号染色体16766909bp，该处碱基为g；
19.snp8所在基因组位置为3号染色体16780934bp，该处碱基为g；
20.snp9所在基因组位置为3号染色体16783495bp，该处碱基为g；
21.以上snp位点的物理位置是基于日本晴的全基因组序列msu7.0版本确定。
22.优选地，所述单倍型分子标记由105个snp位点组成，snp位点信息如下：
23.snp1所在基因组位置为3号染色体16683951bp，该处碱基为a；
24.snp2所在基因组位置为3号染色体16684942bp，该处碱基为t；
25.snp3所在基因组位置为3号染色体16685993bp，该处碱基为a；
26.snp4所在基因组位置为3号染色体16686946bp，该处碱基为g；
27.snp5所在基因组位置为3号染色体16687931bp，该处碱基为t；
28.snp6所在基因组位置为3号染色体16688825bp，该处碱基为g；
29.snp7所在基因组位置为3号染色体16689896bp，该处碱基为g；
30.snp8所在基因组位置为3号染色体16690397bp，该处碱基为c；
31.snp9所在基因组位置为3号染色体16690429bp，该处碱基为g；
32.snp10所在基因组位置为3号染色体16690861bp，该处碱基为c；
33.snp11所在基因组位置为3号染色体16691940bp，该处碱基为a；
34.snp12所在基因组位置为3号染色体16692834bp，该处碱基为a；
35.snp13所在基因组位置为3号染色体16693508bp，该处碱基为t；
36.snp14所在基因组位置为3号染色体16693675bp，该处碱基为t；
37.snp15所在基因组位置为3号染色体16694900bp，该处碱基为g；
38.snp16所在基因组位置为3号染色体16695507bp，该处碱基为t；
39.snp17所在基因组位置为3号染色体16696937bp，该处碱基为t；
40.snp18所在基因组位置为3号染色体16697757bp，该处碱基为c；
41.snp19所在基因组位置为3号染色体16698667bp，该处碱基为t；
42.snp20所在基因组位置为3号染色体16699850bp，该处碱基为a；
43.snp21所在基因组位置为3号染色体16700837bp，该处碱基为g；
44.snp22所在基因组位置为3号染色体16701753bp，该处碱基为g；
45.snp23所在基因组位置为3号染色体16702543bp，该处碱基为t；
46.snp24所在基因组位置为3号染色体16703703bp，该处碱基为g；
47.snp25所在基因组位置为3号染色体16704788bp，该处碱基为t；
48.snp26所在基因组位置为3号染色体16705962bp，该处碱基为g；
49.snp27所在基因组位置为3号染色体16706836bp，该处碱基为c；
50.snp28所在基因组位置为3号染色体16707940bp，该处碱基为g；
51.snp29所在基因组位置为3号染色体16708948bp，该处碱基为t；
52.snp30所在基因组位置为3号染色体16709927bp，该处碱基为g；
53.snp31所在基因组位置为3号染色体16711077bp，该处碱基为t；
54.snp32所在基因组位置为3号染色体16711885bp，该处碱基为t；
55.snp33所在基因组位置为3号染色体16712960bp，该处碱基为t；
56.snp34所在基因组位置为3号染色体16713630bp，该处碱基为t；
57.snp35所在基因组位置为3号染色体16714963bp，该处碱基为g；
58.snp36所在基因组位置为3号染色体16715129bp，该处碱基为a；
59.snp37所在基因组位置为3号染色体16715885bp，该处碱基为c；
60.snp38所在基因组位置为3号染色体16716450bp，该处碱基为c；
61.snp39所在基因组位置为3号染色体16717928bp，该处碱基为g；
62.snp40所在基因组位置为3号染色体16718865bp，该处碱基为c；
63.snp41所在基因组位置为3号染色体16719759bp，该处碱基为g；
64.snp42所在基因组位置为3号染色体16720947bp，该处碱基为g；
65.snp43所在基因组位置为3号染色体16721914bp，该处碱基为g；
66.snp44所在基因组位置为3号染色体16722936bp，该处碱基为c；
67.snp45所在基因组位置为3号染色体16723936bp，该处碱基为c；
68.snp46所在基因组位置为3号染色体16724816bp，该处碱基为c；
69.snp47所在基因组位置为3号染色体16725937bp，该处碱基为t；
70.snp48所在基因组位置为3号染色体16726916bp，该处碱基为t；
71.snp49所在基因组位置为3号染色体16727905bp，该处碱基为t；
72.snp50所在基因组位置为3号染色体16728900bp，该处碱基为g；
73.snp51所在基因组位置为3号染色体16729365bp，该处碱基为a；
74.snp52所在基因组位置为3号染色体16730746bp，该处碱基为a；
75.snp53所在基因组位置为3号染色体16731270bp，该处碱基为t；
76.snp54所在基因组位置为3号染色体16732914bp，该处碱基为c；
77.snp55所在基因组位置为3号染色体16733833bp，该处碱基为g；
78.snp56所在基因组位置为3号染色体16734792bp，该处碱基为a；
79.snp57所在基因组位置为3号染色体16735870bp，该处碱基为t；
80.snp58所在基因组位置为3号染色体16736949bp，该处碱基为c；
81.snp59所在基因组位置为3号染色体16737923bp，该处碱基为a；
82.snp60所在基因组位置为3号染色体16738719bp，该处碱基为c；
83.snp61所在基因组位置为3号染色体16739940bp，该处碱基为a；
84.snp62所在基因组位置为3号染色体16740911bp，该处碱基为g；
85.snp63所在基因组位置为3号染色体16741947bp，该处碱基为g；
86.snp64所在基因组位置为3号染色体16742946bp，该处碱基为a；
87.snp65所在基因组位置为3号染色体16743894bp，该处碱基为c；
88.snp66所在基因组位置为3号染色体16744944bp，该处碱基为g；
89.snp67所在基因组位置为3号染色体16745925bp，该处碱基为t；
90.snp68所在基因组位置为3号染色体16746802bp，该处碱基为t；
91.snp69所在基因组位置为3号染色体16748214bp，该处碱基为c；
92.snp70所在基因组位置为3号染色体16748891bp，该处碱基为c；
93.snp71所在基因组位置为3号染色体16749678bp，该处碱基为c；
94.snp72所在基因组位置为3号染色体16750759bp，该处碱基为a；
95.snp73所在基因组位置为3号染色体16751964bp，该处碱基为t；
96.snp74所在基因组位置为3号染色体16752941bp，该处碱基为g；
97.snp75所在基因组位置为3号染色体16753895bp，该处碱基为g；
98.snp76所在基因组位置为3号染色体16754810bp，该处碱基为t；
99.snp77所在基因组位置为3号染色体16755952bp，该处碱基为c；
100.snp78所在基因组位置为3号染色体16756840bp，该处碱基为a；
101.snp79所在基因组位置为3号染色体16757893bp，该处碱基为c；
102.snp80所在基因组位置为3号染色体16758967bp，该处碱基为a；
103.snp81所在基因组位置为3号染色体16759964bp，该处碱基为c；
104.snp82所在基因组位置为3号染色体16760924bp，该处碱基为t；
105.snp83所在基因组位置为3号染色体16761960bp，该处碱基为a；
106.snp84所在基因组位置为3号染色体16762697bp，该处碱基为g；
107.snp85所在基因组位置为3号染色体16763777bp，该处碱基为t；
108.snp86所在基因组位置为3号染色体16764876bp，该处碱基为t；
109.snp87所在基因组位置为3号染色体16765960bp，该处碱基为a；
110.snp88所在基因组位置为3号染色体16766909bp，该处碱基为g；
111.snp89所在基因组位置为3号染色体16767925bp，该处碱基为g；
112.snp90所在基因组位置为3号染色体16768903bp，该处碱基为a；
113.snp91所在基因组位置为3号染色体16769957bp，该处碱基为g；
114.snp92所在基因组位置为3号染色体16770941bp，该处碱基为g；
115.snp93所在基因组位置为3号染色体16771919bp，该处碱基为c；
116.snp94所在基因组位置为3号染色体16772901bp，该处碱基为t；
117.snp95所在基因组位置为3号染色体16773932bp，该处碱基为g；
118.snp96所在基因组位置为3号染色体16774942bp，该处碱基为a；
119.snp97所在基因组位置为3号染色体16775784bp，该处碱基为t；
120.snp98所在基因组位置为3号染色体16776944bp，该处碱基为g；
121.snp99所在基因组位置为3号染色体16777850bp，该处碱基为g；
122.snp100所在基因组位置为3号染色体16778915bp，该处碱基为t；
123.snp101所在基因组位置为3号染色体16779894bp，该处碱基为g；
124.snp102所在基因组位置为3号染色体16780934bp，该处碱基为g；
125.snp103所在基因组位置为3号染色体16781848bp，该处碱基为c；
126.snp104所在基因组位置为3号染色体16782947bp，该处碱基为g；
127.snp105所在基因组位置为3号染色体16783495bp，该处碱基为g。
128.上述的水稻粒长控制基因gs3的单倍型鉴定标记的筛选方法，包括以下步骤：
129.s1，筛选设计已经克隆的水稻粒长控制基因gs3的单倍型标记，查找水稻粒长控制基因gs3的功能位点，筛选出33个高质量基因组序列中基因gs3功能位点上下游各50kb区域内的所有差异snp标记，共6018个标记；
130.s2，根据s1中查找的水稻粒长控制基因gs3的功能位点，通过序列比对，确定33个高质量参考基因组中中含有gs3功能基因的品种；
131.s3，从s1中筛选的snp位点，选择优化粒长控制基因gs3的单倍型标记；
132.s4，根据基因组snp芯片gsr40k，进一步筛选优化水稻粒长控制基因gs3的单倍型标记。
133.s5，将s4中筛选出的单倍型标记组与s3中筛选出的单倍型标记组比较，找出交集标记组合。
134.优选地，步骤s1中的筛选依据为33个四川农业大学钦鹏教授团队发表在cell上基于水稻遗传多样性材料的高质量基因组序列。
135.优选地，所述的单倍型分子标记在鉴定水稻粒长控制基因gs3中的应用。
136.本发明的有益效果：
137.本发明利用分子标记鉴定水稻品种的功能基因，来判断水稻品种的表型，更高效、更直接。
138.利用基因核心序列，以及基因上下游序列，能够开发足量的单倍型标记，用于鉴定基因的功能。本发明筛选的功能基因的单倍型标记，可以用于水稻粒长控制基因gs3的开发。
139.本发明在筛选优化标记的过程中，既充分保留了多态性的差异snp分型标记，又考虑了标记之间的间距，以及标记附近件的具体序列特征，所优化的标记组合能够直接用于
芯片设计，或者用于设计基于pcr基础的检测标记，非常实用。
140.本发明通过基因芯片精准检测相对较少的snp单倍型标记就可以鉴定基因的功能。在实际应用中，利用有限的标记，可以对功能基因进行鉴定，新克隆的基因也可以很快的利用类似的方法，优化出鉴定单倍型标记组，不需要对所有的新基因重新设计标记。
附图说明
141.图1为利用实施例2中共有的18个标记对33个水稻品种进行粒长控制基因gs3的基因型鉴定。
142.图2为利用实施例2中筛选的9个标记对33个水稻品种进行粒长控制基因gs3的基因型鉴定。
具体实施方式
143.为了便于本领域技术人员的理解，下面结合实施例对本发明作进一步的说明，实施方式提及的内容并非对本发明的限定。
144.实施例1
145.根据33个四川农业大学钦鹏教授团队发表在cell上基于水稻遗传多样性材料的高质量基因组序列(qin et al.,2021)筛选设计已经克隆的水稻粒长控制基因gs3的单倍型标记：
146.1、查找水稻粒长控制基因gs3的功能位点(如下表1所示)；筛选出33个高质量基因组序列中基因gs3功能位点上下游各50kb区域内的所有差异snp标记，共6018个标记；
147.表1：水稻粒长控制基因gs3的功能位点
[0148][0149]
2、依据步骤1中查找的水稻粒长控制基因gs3的功能位点，通过序列比对，确定33个高质量参考基因组中中含有gs3功能基因的品种，如表2所示。
[0150]
表2：含有水稻粒长控制基因gs3的品种
[0151]
品种染色体位置基因型9311chr0316733441tbasmati1chr0316733441tcn1chr0316733441td62chr0316733441tdhx2chr0316733441tfh838chr0316733441tfs32chr0316733441tg630chr0316733441tg8chr0316733441tir64chr0316733441tj4115chr0316733441t
lemontchr0316733441tnamroochr0316733441tr498chr0316733441tr527chr0316733441ts548chr0316733441ttmchr0316733441twssmchr0316733441ty58schr0316733441tyx1chr0316733441t
[0152]
3、从步骤1中筛选的snp位点，按照下面的标准选择优化粒长控制基因gs3的单倍型标记：
[0153]
1)水稻品种9311、basmati1、cn1、d62、dhx2、fh838、fs32、g630、g8、ir64、j4115、lemont、namroo、r498、r527、s548、tm、wssm、y58s、yx1都含有的，且与另外13个品种不同的snp标记26个。
[0154]
2)水稻品种9311、basmati1、cn1、d62、dhx2、fh838、fs32、g630、g8、ir64、j4115、lemont、namroo、r498、r527、s548、tm、wssm、y58s、yx1与参考基因组日本晴都一致的snp位点5402个。
[0155]
3)上述两步共获得可以用于鉴定粒长控制基因gs3的标记组合5428个；
[0156]
4)筛选过滤筛选掉indel标记2042个，剩余标记3386个；
[0157]
5)保留均匀分布的snp标记：平均每1000bp 1个标记，共105个标记。
[0158]
4、粒长控制基因gs3的单倍型标记具体如表3所示(snp位点的物理位置是基于日本晴的全基因组序列msu7.0版本确定)：
[0159]
表3粒长控制基因gs3的单倍型标记
[0160]
[0161]
[0162]
[0163][0164]
实施例2：
[0165]
依据武汉双绿源创芯科技研究院有限公司自主研发的水稻高密度全基因组snp芯片gsr40k，进一步筛选优化水稻粒长控制基因gs3的单倍型标记：
[0166]
筛选出水稻gsr40k基因芯片在粒长控制基因gs3区段的所有高质量标记，与实施列1中筛选出的单倍型标记组进行比较，找出共同的交集标记组合，gs r40k在该区段18个的snp位点在33个高质量基因组中均能检测到。如表4所示：
[0167]
表4：gsr40k基因芯片中，与粒长控制基因gs3单倍型标记组的交集标记组合
[0168][0169][0170]
1、利用上述标记对33个高质量基因组进行基因型鉴定，结果如图1所示。
[0171]
2、依据实施列1中33个水稻高质量基因组材料的具体表型，对筛选出的共同标记组合进行优化，筛选出基因芯片gsr40k中能够精准鉴定水稻粒长控制基因gs3功能的一组标记组合，如表5所示。
[0172]
表5：基因芯片gsr40k中能够精准鉴定粒长控制基因gs3的单倍型标记
[0173][0174]
本实施例中的所有技术特征均可根据实际需要而进行外观修改。
[0175]
上述实施例为本发明较佳的实现方案，除此之外，本发明还可以其它方式实现，在不脱离本技术方案构思的前提下任何显而易见的替换均在本发明的保护范围之内。

技术特征：
1.水稻粒长控制基因gs3的单倍型鉴定标记，其特征在于：所述单倍型分子标记由9个snp位点组成，snp位点信息如下：snp1所在基因组位置为3号染色体16735870bp，该处碱基为t；snp2所在基因组位置为3号染色体16738719bp，该处碱基为c；snp3所在基因组位置为3号染色体16748214bp，该处碱基为c；snp4所在基因组位置为3号染色体16749678bp，该处碱基为c；snp5所在基因组位置为3号染色体16751964bp，该处碱基为t；snp6所在基因组位置为3号染色体16758967bp，该处碱基为a；snp7所在基因组位置为3号染色体16766909bp，该处碱基为g；snp8所在基因组位置为3号染色体16780934bp，该处碱基为g；snp9所在基因组位置为3号染色体16783495bp，该处碱基为g；以上snp位点的物理位置是基于日本晴的全基因组序列msu7.0版本确定。2.根据权利要求1所述的水稻粒长控制基因gs3的单倍型鉴定标记，其特征在于：所述单倍型分子标记由105个snp位点组成，snp位点信息如下：snp1所在基因组位置为3号染色体16683951bp，该处碱基为a；snp2所在基因组位置为3号染色体16684942bp，该处碱基为t；snp3所在基因组位置为3号染色体16685993bp，该处碱基为a；snp4所在基因组位置为3号染色体16686946bp，该处碱基为g；snp5所在基因组位置为3号染色体16687931bp，该处碱基为t；snp6所在基因组位置为3号染色体16688825bp，该处碱基为g；snp7所在基因组位置为3号染色体16689896bp，该处碱基为g；snp8所在基因组位置为3号染色体16690397bp，该处碱基为c；snp9所在基因组位置为3号染色体16690429bp，该处碱基为g；snp10所在基因组位置为3号染色体16690861bp，该处碱基为c；snp11所在基因组位置为3号染色体16691940bp，该处碱基为a；snp12所在基因组位置为3号染色体16692834bp，该处碱基为a；snp13所在基因组位置为3号染色体16693508bp，该处碱基为t；snp14所在基因组位置为3号染色体16693675bp，该处碱基为t；snp15所在基因组位置为3号染色体16694900bp，该处碱基为g；snp16所在基因组位置为3号染色体16695507bp，该处碱基为t；snp17所在基因组位置为3号染色体16696937bp，该处碱基为t；snp18所在基因组位置为3号染色体16697757bp，该处碱基为c；snp19所在基因组位置为3号染色体16698667bp，该处碱基为t；snp20所在基因组位置为3号染色体16699850bp，该处碱基为a；snp21所在基因组位置为3号染色体16700837bp，该处碱基为g；snp22所在基因组位置为3号染色体16701753bp，该处碱基为g；snp23所在基因组位置为3号染色体16702543bp，该处碱基为t；snp24所在基因组位置为3号染色体16703703bp，该处碱基为g；snp25所在基因组位置为3号染色体16704788bp，该处碱基为t；
snp26所在基因组位置为3号染色体16705962bp，该处碱基为g；snp27所在基因组位置为3号染色体16706836bp，该处碱基为c；snp28所在基因组位置为3号染色体16707940bp，该处碱基为g；snp29所在基因组位置为3号染色体16708948bp，该处碱基为t；snp30所在基因组位置为3号染色体16709927bp，该处碱基为g；snp31所在基因组位置为3号染色体16711077bp，该处碱基为t；snp32所在基因组位置为3号染色体16711885bp，该处碱基为t；snp33所在基因组位置为3号染色体16712960bp，该处碱基为t；snp34所在基因组位置为3号染色体16713630bp，该处碱基为t；snp35所在基因组位置为3号染色体16714963bp，该处碱基为g；snp36所在基因组位置为3号染色体16715129bp，该处碱基为a；snp37所在基因组位置为3号染色体16715885bp，该处碱基为c；snp38所在基因组位置为3号染色体16716450bp，该处碱基为c；snp39所在基因组位置为3号染色体16717928bp，该处碱基为g；snp40所在基因组位置为3号染色体16718865bp，该处碱基为c；snp41所在基因组位置为3号染色体16719759bp，该处碱基为g；snp42所在基因组位置为3号染色体16720947bp，该处碱基为g；snp43所在基因组位置为3号染色体16721914bp，该处碱基为g；snp44所在基因组位置为3号染色体16722936bp，该处碱基为c；snp45所在基因组位置为3号染色体16723936bp，该处碱基为c；snp46所在基因组位置为3号染色体16724816bp，该处碱基为c；snp47所在基因组位置为3号染色体16725937bp，该处碱基为t；snp48所在基因组位置为3号染色体16726916bp，该处碱基为t；snp49所在基因组位置为3号染色体16727905bp，该处碱基为t；snp50所在基因组位置为3号染色体16728900bp，该处碱基为g；snp51所在基因组位置为3号染色体16729365bp，该处碱基为a；snp52所在基因组位置为3号染色体16730746bp，该处碱基为a；snp53所在基因组位置为3号染色体16731270bp，该处碱基为t；snp54所在基因组位置为3号染色体16732914bp，该处碱基为c；snp55所在基因组位置为3号染色体16733833bp，该处碱基为g；snp56所在基因组位置为3号染色体16734792bp，该处碱基为a；snp57所在基因组位置为3号染色体16735870bp，该处碱基为t；snp58所在基因组位置为3号染色体16736949bp，该处碱基为c；snp59所在基因组位置为3号染色体16737923bp，该处碱基为a；snp60所在基因组位置为3号染色体16738719bp，该处碱基为c；snp61所在基因组位置为3号染色体16739940bp，该处碱基为a；snp62所在基因组位置为3号染色体16740911bp，该处碱基为g；snp63所在基因组位置为3号染色体16741947bp，该处碱基为g；snp64所在基因组位置为3号染色体16742946bp，该处碱基为a；
snp65所在基因组位置为3号染色体16743894bp，该处碱基为c；snp66所在基因组位置为3号染色体16744944bp，该处碱基为g；snp67所在基因组位置为3号染色体16745925bp，该处碱基为t；snp68所在基因组位置为3号染色体16746802bp，该处碱基为t；snp69所在基因组位置为3号染色体16748214bp，该处碱基为c；snp70所在基因组位置为3号染色体16748891bp，该处碱基为c；snp71所在基因组位置为3号染色体16749678bp，该处碱基为c；snp72所在基因组位置为3号染色体16750759bp，该处碱基为a；snp73所在基因组位置为3号染色体16751964bp，该处碱基为t；snp74所在基因组位置为3号染色体16752941bp，该处碱基为g；snp75所在基因组位置为3号染色体16753895bp，该处碱基为g；snp76所在基因组位置为3号染色体16754810bp，该处碱基为t；snp77所在基因组位置为3号染色体16755952bp，该处碱基为c；snp78所在基因组位置为3号染色体16756840bp，该处碱基为a；snp79所在基因组位置为3号染色体16757893bp，该处碱基为c；snp80所在基因组位置为3号染色体16758967bp，该处碱基为a；snp81所在基因组位置为3号染色体16759964bp，该处碱基为c；snp82所在基因组位置为3号染色体16760924bp，该处碱基为t；snp83所在基因组位置为3号染色体16761960bp，该处碱基为a；snp84所在基因组位置为3号染色体16762697bp，该处碱基为g；snp85所在基因组位置为3号染色体16763777bp，该处碱基为t；snp86所在基因组位置为3号染色体16764876bp，该处碱基为t；snp87所在基因组位置为3号染色体16765960bp，该处碱基为a；snp88所在基因组位置为3号染色体16766909bp，该处碱基为g；snp89所在基因组位置为3号染色体16767925bp，该处碱基为g；snp90所在基因组位置为3号染色体16768903bp，该处碱基为a；snp91所在基因组位置为3号染色体16769957bp，该处碱基为g；snp92所在基因组位置为3号染色体16770941bp，该处碱基为g；snp93所在基因组位置为3号染色体16771919bp，该处碱基为c；snp94所在基因组位置为3号染色体16772901bp，该处碱基为t；snp95所在基因组位置为3号染色体16773932bp，该处碱基为g；snp96所在基因组位置为3号染色体16774942bp，该处碱基为a；snp97所在基因组位置为3号染色体16775784bp，该处碱基为t；snp98所在基因组位置为3号染色体16776944bp，该处碱基为g；snp99所在基因组位置为3号染色体16777850bp，该处碱基为g；snp100所在基因组位置为3号染色体16778915bp，该处碱基为t；snp101所在基因组位置为3号染色体16779894bp，该处碱基为g；snp102所在基因组位置为3号染色体16780934bp，该处碱基为g；snp103所在基因组位置为3号染色体16781848bp，该处碱基为c；
snp104所在基因组位置为3号染色体16782947bp，该处碱基为g；snp105所在基因组位置为3号染色体16783495bp，该处碱基为g。3.根据权利要求1或2任意一项所述的水稻粒长控制基因gs3的单倍型鉴定标记的筛选方法，其特征在于：包括以下步骤：s1，筛选设计已经克隆的水稻粒长控制基因gs3的单倍型标记，查找水稻粒长控制基因gs3的功能位点，筛选出33个高质量基因组序列中基因gs3功能位点上下游各50kb区域内的所有差异snp标记，共6018个标记；s2，根据s1中查找的水稻粒长控制基因gs3的功能位点，通过序列比对，确定33个高质量参考基因组中中含有gs3功能基因的品种；s3，从s1中筛选的snp位点，选择优化粒长控制基因gs3的单倍型标记；s4，根据基因组snp芯片gsr40k，进一步筛选优化水稻粒长控制基因gs3的单倍型标记。s5，将s4中筛选出的单倍型标记组与s3中筛选出的单倍型标记组比较，找出交集标记组合。4.根据权利要求3所述的水稻粒长控制基因gs3的单倍型鉴定标记的筛选方法，其特征在于：步骤s1中的筛选依据为33个四川农业大学钦鹏教授团队发表在cell上基于水稻遗传多样性材料的高质量基因组序列。5.根据权利要求1-4任意一项所述的水稻粒长控制基因gs3的单倍型鉴定标记及其筛选方法，其特征在于：所述的单倍型分子标记在鉴定水稻粒长控制基因gs3中的应用。

技术总结
本发明涉及水稻基因控制技术领域，尤其是指水稻粒长控制基因GS3的单倍型鉴定标记及其筛选方法，所述单倍型分子标记由9个SNP位点组成。本发明利用分子标记鉴定水稻品种的功能基因，来判断水稻品种的表型，更高效、更直接。更直接。更直接。


技术研发人员：周发松 陈耿华 丁怡雯
受保护的技术使用者：徐州锦莱卓生物科技有限公司
技术研发日：2022.02.07
技术公布日：2022/5/25