一种扩张型心肌病的诊断标记物、评分模型及诊断产品

    专利查询2024-06-26  71



    1.本发明属于生物医学技术领域,具体涉及一种扩张型心肌病的诊断标记物、评分模型及诊断产品。


    背景技术:

    2.扩张型心肌病是心力衰竭的常见病因,也是行心脏移植患者的最常见诊断。扩张型心肌病目前在美国每年大约引起10,000例死亡和46,000例住院(暂无中国数据)。扩张型心肌病的特点是一侧或双侧心室的扩张及收缩功能障碍。以往对于诊断扩张型心肌病,需要通过病史询问(特别注意心力衰竭症状、心律失常、晕厥前兆和晕厥)、家族史(如果一级亲属的临床筛查异常提示或符合扩张型心肌病)、体格检查(特别注意心脏和骨骼肌系统)、实验室检查(肌红蛋白、肌钙蛋白等)、冠脉造影(排除一支或多支冠脉阻塞》50%)、超声心动图和必要时的心内膜心肌活检评估后,才能进行扩张型心肌病的诊断。
    3.以往对于dcm的诊断都是需要左心室或双侧心室扩大及收缩功能减退,疾病进展到晚期阶段后,才能进行最终诊断,这个时候往往已经错过了疾病治疗的最好阶段。
    4.目前临床上,尽管经过详细的影像学检查和免疫组化分析,但是仍有部分案例难以判定为是否患扩张型心肌病的情况,特别是在发病早期阶段。此外,利用遗传手段(如高通量组学测序技术、基因芯片和pcr技术等)进行疾病早筛和诊断发展为常规检测手段已成为趋势,因此,开发一种基于基因检测进行扩张型心肌病诊断的方法具有重要的临床意义。


    技术实现要素:

    5.本发明的目的是提供一种扩张型心肌病的诊断标记物、评分模型及诊断产品。
    6.为了实现上述发明目的,本发明的技术方案包括:
    7.一种扩张型心肌病的诊断标记物,包括基因bcl2l1、bid、calcoco2、casp1、ccl2、cx3cl1、cxcr4、eif4ebp1、grid1、nampt、nlrc4、nrg1和tp63。
    8.本发明利用诊断标记物可以实现对患扩张型心肌病风险的准确判断。本发明是基于基因表达相对高低的原理,相比于现有技术,本发明能够广泛适用于各种基因表达数据平台。
    9.如以上所述的诊断标记物在制备扩张型心肌病诊断产品中的应用。
    10.一种扩张型心肌病诊断产品,是以上所述诊断标记物的特异性检测引物。
    11.作为优选,在扩张型心肌病诊断产品中,特异性检测引物包括:
    12.bcl2l1基因的特异性检测引物,所述的bcl2l1基因的特异性检测引物包括,
    13.上游引物:5
    ’‑
    ttctgggctcccagcct-3’(seq id no.1),
    14.下游引物:5
    ’‑
    tctgaagggagagaaagagattca-3’(seq id no.2);
    15.bid基因的特异性检测引物,所述的bid基因的特异性检测引物包括,
    16.上游引物:5
    ’‑
    aagcgggtagtcgaccgt-3’(seq id no.3),
    17.下游引物:5
    ’‑
    gaaccgttgttgacctcacag-3’(seq id no.4);
    18.calcoco2基因的特异性检测引物,所述的calcoco2基因的特异性检测引物包括,
    19.上游引物:5
    ’‑
    tggaggagccaaggacagaa-3’(seq id no.5),
    20.下游引物:5
    ’‑
    tgggcaggtagtaagctttgaa-3’(seq id no.6);
    21.casp1基因的特异性检测引物,所述的casp1基因的特异性检测引物包括,
    22.上游引物:5
    ’‑
    gaaaagccatggccgacaag-3’(seq id no.7),
    23.下游引物:5
    ’‑
    cggagtcaatcaaagctcgg-3’(seq id no.8);
    24.ccl2基因的特异性检测引物,所述的ccl2基因的特异性检测引物包括,
    25.上游引物:5
    ’‑
    tcaaactgaagctcgcactct-3’(seq id no.9),
    26.下游引物:5
    ’‑
    ggggcattgattgcatctgg-3’(seq id no.10);
    27.cx3cl1基因的特异性检测引物,所述的cx3cl1基因的特异性检测引物包括,
    28.上游引物:5
    ’‑
    ctgctggctgcttggaga-3’(seq id no.11),
    29.下游引物:5
    ’‑
    ccacagactcgtccattccc-3’(seq id no.12);
    30.cxcr4基因的特异性检测引物,所述的cxcr4基因的特异性检测引物包括,
    31.上游引物:5
    ’‑
    gtgactttgaaaccctcagcg-3’(seq id no.13),
    32.下游引物:5
    ’‑
    tgggctaagggcacaagaga-3’(seq id no.14);
    33.eif4ebp1基因的特异性检测引物,所述的eif4ebp1基因的特异性检测引物包括,
    34.上游引物:5
    ’‑
    caagggatctgcccaccatt-3’(seq id no.15),
    35.下游引物:5
    ’‑
    aactgtgactcttcaccgcc-3’(seq id no.16);
    36.grid1基因的特异性检测引物,所述的grid1基因的特异性检测引物包括,
    37.上游引物:5
    ’‑
    gagacccccaaggaggacaaag-3’(seq id no.17),
    38.下游引物:5
    ’‑
    tctggtactcccgtgtcgg-3’(seq id no.18);
    39.nampt基因的特异性检测引物,所述的nampt基因的特异性检测引物包括,
    40.上游引物:5
    ’‑
    ggagcatctgctcacttggt-3’(seq id no.19),
    41.下游引物:5
    ’‑
    ccccaagctgttatggtactgt-3’(seq id no.20);
    42.nlrc4基因的特异性检测引物,所述的nlrc4基因的特异性检测引物包括,
    43.上游引物:5
    ’‑
    aggcctcactgaaacggaa-3’(seq id no.21),
    44.下游引物:5
    ’‑
    aaactactcttcattctggctga-3’(seq id no.22);
    45.nrg1基因的特异性检测引物,所述的nrg1基因的特异性检测引物包括,
    46.上游引物:5
    ’‑
    gattcctaccgagactctcctc-3’(seq id no.23),
    47.下游引物:5
    ’‑
    tggaaggcatggacaccgtcat-3’(seq id no.24),
    48.tp63基因的特异性检测引物,所述的tp63基因的特异性检测引物包括,
    49.上游引物:5
    ’‑
    ttgcttttagcctcccggc-3’(seq id no.25),
    50.下游引物:5
    ’‑
    gggtttctacgaaacgctgga-3’(seq id no.26)。
    51.一种扩张型心肌病诊断产品,为诊断试剂盒,该诊断试剂盒中包含以上所述诊断标记物的特异性检测引物。
    52.作为优选,在扩张型心肌病诊断产品中,所述的特异性检测引物包括:bcl2l1基因的特异性检测引物,所述的bcl2l1基因的特异性检测引物包括,
    53.上游引物:5
    ’‑
    ttctgggctcccagcct-3’(seq id no.1),
    54.下游引物:5
    ’‑
    tctgaagggagagaaagagattca-3’(seq id no.2);
    55.bid基因的特异性检测引物,所述的bid基因的特异性检测引物包括,
    56.上游引物:5
    ’‑
    aagcgggtagtcgaccgt-3’(seq id no.3),
    57.下游引物:5
    ’‑
    gaaccgttgttgacctcacag-3’(seq id no.4);
    58.calcoco2基因的特异性检测引物,所述的calcoco2基因的特异性检测引物包括,
    59.上游引物:5
    ’‑
    tggaggagccaaggacagaa-3’(seq id no.5),
    60.下游引物:5
    ’‑
    tgggcaggtagtaagctttgaa-3’(seq id no.6);
    61.casp1基因的特异性检测引物,所述的casp1基因的特异性检测引物包括,
    62.上游引物:5
    ’‑
    gaaaagccatggccgacaag-3’(seq id no.7),
    63.下游引物:5
    ’‑
    cggagtcaatcaaagctcgg-3’(seq id no.8);
    64.ccl2基因的特异性检测引物,所述的ccl2基因的特异性检测引物包括,
    65.上游引物:5
    ’‑
    tcaaactgaagctcgcactct-3’(seq id no.9),
    66.下游引物:5
    ’‑
    ggggcattgattgcatctgg-3’(seq id no.10);
    67.cx3cl1基因的特异性检测引物,所述的cx3cl1基因的特异性检测引物包括,
    68.上游引物:5
    ’‑
    ctgctggctgcttggaga-3’(seq id no.11),
    69.下游引物:5
    ’‑
    ccacagactcgtccattccc-3’(seq id no.12);
    70.cxcr4基因的特异性检测引物,所述的cxcr4基因的特异性检测引物包括,
    71.上游引物:5
    ’‑
    gtgactttgaaaccctcagcg-3’(seq id no.13),
    72.下游引物:5
    ’‑
    tgggctaagggcacaagaga-3’(seq id no.14);
    73.eif4ebp1基因的特异性检测引物,所述的eif4ebp1基因的特异性检测引物包括,
    74.上游引物:5
    ’‑
    caagggatctgcccaccatt-3’(seq id no.15),
    75.下游引物:5
    ’‑
    aactgtgactcttcaccgcc-3’(seq id no.16);
    76.grid1基因的特异性检测引物,所述的grid1基因的特异性检测引物包括,
    77.上游引物:5
    ’‑
    gagacccccaaggaggacaaag-3’(seq id no.17),
    78.下游引物:5
    ’‑
    tctggtactcccgtgtcgg-3’(seq id no.18);
    79.nampt基因的特异性检测引物,所述的nampt基因的特异性检测引物包括,
    80.上游引物:5
    ’‑
    ggagcatctgctcacttggt-3’(seq id no.19),
    81.下游引物:5
    ’‑
    ccccaagctgttatggtactgt-3’(seq id no.20);
    82.nlrc4基因的特异性检测引物,所述的nlrc4基因的特异性检测引物包括,
    83.上游引物:5
    ’‑
    aggcctcactgaaacggaa-3’(seq id no.21),
    84.下游引物:5
    ’‑
    aaactactcttcattctggctga-3’(seq id no.22);
    85.nrg1基因的特异性检测引物,所述的nrg1基因的特异性检测引物包括,
    86.上游引物:5
    ’‑
    gattcctaccgagactctcctc-3’(seq id no.23),
    87.下游引物:5
    ’‑
    tggaaggcatggacaccgtcat-3’(seq id no.24),
    88.tp63基因的特异性检测引物,所述的tp63基因的特异性检测引物包括,
    89.上游引物:5
    ’‑
    ttgcttttagcctcccggc-3’(seq id no.25),
    90.下游引物:5
    ’‑
    gggtttctacgaaacgctgga-3’(seq id no.26)。
    91.一种扩张型心肌病诊断产品,为基因芯片,该基因芯片上固载有可用于检测以上的诊断标记物的探针。
    92.用于指示扩张型心肌病患病风险的评分模型,患扩张型心肌病的风险分数=
    bcl2l1表达水平*(-1.74465016085385)+bid表达水平*(-0.426832531364825)+calcoco2表达水平*(-3.40520392561273)+casp1表达水平*0.366120801002946+ccl2表达水平*(-0.703078429075756)+cx3cl1表达水平*1.03237963521168+cxcr4表达水平*0.295141755796332+eif4ebp1表达水平*(-0.802018918592322)+grid1表达水平*0.0424498380242608+nampt表达水平*(-1.44512329007694)+nlrc4表达水平*(-0.477050229555532)+nrg1表达水平*0.308879510900307+tp63表达水平*0.220042847400737。
    93.本发明提供了用于指示扩张型心肌病患病风险的评分模型,其利用诊断标记物中的13个基因的表达值带入评分模型后计算得到的风险值,可以实现对患扩张型心肌病风险的准确判断。本发明根据患扩张型心肌病风险分数大小判定患扩张型心肌病的可能性,当待测个体扩张型心肌病风险分数范围在-100到-90之间具有患扩张型心肌病的可能性。当待测个体扩张型心肌病风险分数范围在-115到-100之间为健康。
    94.与现有技术相比,本发明的有益效果体现在:
    95.(1)本发明提供了一组诊断标记物,利用该诊断标记物和它们基因表达秩序关系可以实现对患扩张型心肌病风险的准确判断。本发明是基于基因表达相对高低的原理,相比于现有技术,本发明能够广泛适用于各种基因表达数据平台(如microarray和rna-seq)。
    96.(2)本发明提供了用于指示扩张型心肌病患病风险的评分模型,其利用诊断标记物中的13个基因的表达值带入评分模型后计算得到的风险值,可以实现对患扩张型心肌病风险的准确判断。
    97.说明书附图
    98.图1为单因素回归评估差异基因的表达对扩张型心肌病发生的影响。
    99.图2为本发明的诊断标记物的lasso回归模型构建图。
    100.图3为roc曲线对患扩张型心肌病诊断模型的评估。
    具体实施方式
    101.下面结合附图和具体实施例对本发明的技术方案作进一步详细说明。
    102.实施例1
    103.本实施例所述用于人体扩张型心肌病诊断的基因组合包括13个特征基因(biomarker),这些特征基因的选定主要包括以下步骤:
    104.(1)训练集样本收集及处理:本案申请的发明人分析了大样本量的扩张型心肌病患者和健康人群的临床数据及其生物学样本数据,共计332例,包括166例扩张型心肌病患者和166例健康样本的相应的rna-seq表达谱数据和临床资料。
    105.(2)13个特异性基因的筛选:
    106.自噬是一种细胞自我吞噬,废物再利用的过程,正常情况下自噬维持细胞内稳态。近年来有研究报道自噬与扩张型心肌病的发生存在密切联系。因此,发明人从人类自噬数据库(http://www.autophagy.lu/)收集了222个已知的自噬基因信息,并从包括332例样本的rna-seq表达谱数据中表征了其中201个基因的表达水平。根据基因表达丰度的测量值,发明人通过单因素回归分析和lasso回归模型,从201个自噬基因中筛选出13个与扩张型心肌病密切相关的自噬基因。其中,通过lasso回归模型进一步缩小整合后的特征基因范围
    (如图2),得到用于人体扩张型心肌病诊断的诊断标记物。
    107.表1
    [0108][0109][0110]
    最终根据lasso回过分析结果,构建患扩张型心肌病风险诊断模型,公式如下:
    [0111]
    患扩张型心肌病的风险分数=bcl2l1表达水平*(-1.74465016085385)+bid表达水平*(-0.426832531364825)+calcoco2表达水平*(-3.40520392561273)+casp1表达水平*0.366120801002946+ccl2表达水平*(-0.703078429075756)+cx3cl1表达水平*1.03237963521168+cxcr4表达水平*0.295141755796332+eif4ebp1表达水平*(-0.802018918592322)+grid1表达水平*0.0424498380242608+nampt表达水平*(-1.44512329007694)+nlrc4表达水平*(-0.477050229555532)+nrg1表达水平*0.308879510900307+tp63表达水平*0.220042847400737。
    [0112]
    通过绘制roc曲线,对该模型诊断患扩张型心肌病的准确度,结果如图1所示,auc值达到0.9996,说明该模型对预测扩张型心肌病具有极高的准确程度。
    [0113]
    患扩张型心肌病风险分数的计算与阈值判定:
    [0114]
    (1)将rna-seq数据表征诊断标记物的表达水平带入实施例3中的扩张型心肌病评分模型计算得到该样本的风险分数,根据训练数据集中332个样本的已知是否患病信息,得到所有166个扩张型心肌病患者风险分数均大于-100,166个健康样本中有165个风险分数小于-100;故将-100作为rna-seq数据诊断是否患扩张型心肌病的阈值,且分数越大患病风险越高。需要说明的是,上述风险分数阈值仅限用于rna-seq数据判断患扩张型心肌病风
    险。具体为:当待测个体扩张型心肌病风险分数范围在-100到-90之间具有患扩张型心肌病的可能性。当待测个体扩张型心肌病风险分数范围在-115到-100之间为健康。
    [0115]
    通过绘制roc曲线,对该模型诊断患扩张型心肌病的准确度,结果如图3所示,auc值达到0.9996,说明该模型对预测扩张型心肌病具有极高的准确程度。
    [0116]
    (2)若为基因芯片数据,由于不同平台对相同基因相同条件下测得的表达水平标准不同,则需要根据芯片平台重新通过公共数据库选择相同平台的大样本数据带入模型后根据已知样本是否患扩张型心肌病判定阈值标准。具体为:芯片示例数据在0.3~2为有患扩张型心肌病的可能性,在-2~0.3为健康。
    [0117]
    实施例2
    [0118]
    本实施例采用10个左心室活检标本收集rna-seq数据:
    [0119]
    步骤一、人类左心室组织样本提取与保存。
    [0120]
    从医院手术室获取心脏病患者在手术中取得的心肌活检组织废弃物(左心室标本),由病理科制成石蜡切片4um
    ×
    10片,常温保存。
    [0121]
    步骤二、rna-seq测定左心室组织基因表达数据。
    [0122]
    具体可以分为样本制备和测序建库两大步:
    [0123]
    (1)首先从石蜡切片中提取总rna,具体步骤为取石蜡切片加除蜡剂,56℃孵育,加蛋白pkd后,加酶k后在56℃和80℃孵育,加dnase i,用无水乙醇洗涤,最后洗脱rna,得到总rna。
    [0124]
    (2)测序建库时,首先从总rna中取出rrna,再把rna打断,合成双链cdna,cdna利用试剂盒primescript rt reagent kit(takara,tokyo,japan)制备完成。修复末端,接头连接,筛选片段大小,文库扩增,荧光定量pcr利用pcr 218试剂盒制备(11203es08,yeason,china)。反应体系:1ul cdna,0.5ul正向引物引物,0.5ul反向引物引物,3ul水及5ul的酶,利用18s rrna作为内参,仪器lightcycler 480ii system(roche)。文库纯化后即可上机测序。使用的高通量测序仪器为illumina hiseq2000或者其他公司的二代测序仪器和型号。
    [0125]
    荧光定量pcr采用的特异性检测引物为:
    [0126]
    bcl2l1基因的特异性检测引物,所述的bcl2l1基因的特异性检测引物包括,
    [0127]
    上游引物:5
    ’‑
    ttctgggctcccagcct-3’(seq id no.1),
    [0128]
    下游引物:5
    ’‑
    tctgaagggagagaaagagattca-3’(seq id no.2);
    [0129]
    bid基因的特异性检测引物,所述的bid基因的特异性检测引物包括,
    [0130]
    上游引物:5
    ’‑
    aagcgggtagtcgaccgt-3’(seq id no.3),
    [0131]
    下游引物:5
    ’‑
    gaaccgttgttgacctcacag-3’(seq id no.4);
    [0132]
    calcoco2基因的特异性检测引物,所述的calcoco2基因的特异性检测引物包括,
    [0133]
    上游引物:5
    ’‑
    tggaggagccaaggacagaa-3’(seq id no.5),
    [0134]
    下游引物:5
    ’‑
    tgggcaggtagtaagctttgaa-3’(seq id no.6);
    [0135]
    casp1基因的特异性检测引物,所述的casp1基因的特异性检测引物包括,
    [0136]
    上游引物:5
    ’‑
    gaaaagccatggccgacaag-3’(seq id no.7),
    [0137]
    下游引物:5
    ’‑
    cggagtcaatcaaagctcgg-3’(seq id no.8);
    [0138]
    ccl2基因的特异性检测引物,所述的ccl2基因的特异性检测引物包括,
    [0139]
    上游引物:5
    ’‑
    tcaaactgaagctcgcactct-3’(seq id no.9),
    [0140]
    下游引物:5
    ’‑
    ggggcattgattgcatctgg-3’(seq id no.10);
    [0141]
    cx3cl1基因的特异性检测引物,所述的cx3cl1基因的特异性检测引物包括,
    [0142]
    上游引物:5
    ’‑
    ctgctggctgcttggaga-3’(seq id no.11),
    [0143]
    下游引物:5
    ’‑
    ccacagactcgtccattccc-3’(seq id no.12);
    [0144]
    cxcr4基因的特异性检测引物,所述的cxcr4基因的特异性检测引物包括,
    [0145]
    上游引物:5
    ’‑
    gtgactttgaaaccctcagcg-3’(seq id no.13),
    [0146]
    下游引物:5
    ’‑
    tgggctaagggcacaagaga-3’(seq id no.14);
    [0147]
    eif4ebp1基因的特异性检测引物,所述的eif4ebp1基因的特异性检测引物包括,
    [0148]
    上游引物:5
    ’‑
    caagggatctgcccaccatt-3’(seq id no.15),
    [0149]
    下游引物:5
    ’‑
    aactgtgactcttcaccgcc-3’(seq id no.16);
    [0150]
    grid1基因的特异性检测引物,所述的grid1基因的特异性检测引物包括,
    [0151]
    上游引物:5
    ’‑
    gagacccccaaggaggacaaag-3’(seq id no.17),下游引物:5
    ’‑
    tctggtactcccgtgtcgg-3’(seq id no.18);
    [0152]
    nampt基因的特异性检测引物,所述的nampt基因的特异性检测引物包括,
    [0153]
    上游引物:5
    ’‑
    ggagcatctgctcacttggt-3’(seq id no.19),
    [0154]
    下游引物:5
    ’‑
    ccccaagctgttatggtactgt-3’(seq id no.20);
    [0155]
    nlrc4基因的特异性检测引物,所述的nlrc4基因的特异性检测引物包括,
    [0156]
    上游引物:5
    ’‑
    aggcctcactgaaacggaa-3’(seq id no.21),
    [0157]
    下游引物:5
    ’‑
    aaactactcttcattctggctga-3’(seq id no.22);
    [0158]
    nrg1基因的特异性检测引物,所述的nrg1基因的特异性检测引物包括,
    [0159]
    上游引物:5
    ’‑
    gattcctaccgagactctcctc-3’(seq id no.23),
    [0160]
    下游引物:5
    ’‑
    tggaaggcatggacaccgtcat-3’(seq id no.24),
    [0161]
    tp63基因的特异性检测引物,所述的tp63基因的特异性检测引物包括,
    [0162]
    上游引物:5
    ’‑
    ttgcttttagcctcccggc-3’(seq id no.25),
    [0163]
    下游引物:5
    ’‑
    gggtttctacgaaacgctgga-3’(seq id no.26)。
    [0164]
    步骤三、基因表达水平分析(基于rna-seq数据)。
    [0165]
    rna-seq的基因表达水平分析主要可分为质控、基因组比对、转录本拼接和表达水平定量这三部分。
    [0166]
    (1)质控。高通量测序仪器下机后的数据,需要去除其中包含的接头序列和低质量读序,使用fastp软件对原始数据进行质量检测和质量控制,使用默认参数即可得到高质量读序(也可根据需求设定不同的筛选参数)。
    [0167]
    (2)基因组比对。质控后的高质量读序通过比对软件star比对到人类基因组(基因组版本为hg19)。
    [0168]
    (3)转录本拼接和表达水平定量。根据读序的比对结果,利用转录本拼接和定量软件star最终得到基因的表达值(利用limma-voom法对原始计数进行转化)。
    [0169]
    步骤四、将10个样本的13个基因的表达值带入患扩张型心肌病诊断模型得到每个样本的患扩张型心肌病风险分数,具体如表1所示,而该病人的临床数据显示,与预测结果一致。
    [0170]
    表2患扩张型心肌病风险判定结果
    [0171][0172][0173]
    实施例3
    [0174]
    本实施例采用10个左心室活检标本的基因芯片数据,芯片平台为gpl3050。
    [0175]
    步骤一、人类左心室组织提取与保存。
    [0176]
    从医院手术室获取心脏病患者在手术中取得的心肌活检组织废弃物(左心室标本),由病理科制成石蜡切片4um
    ×
    10片,常温保存。
    [0177]
    步骤二、基因芯片直接测定基因表达,具体步骤主要可以分为3步:
    [0178]
    (1)样本制备和标记。样本的制备与“rna-seq测定基因表达”技术过程的总rna提取流程一致。获得总rna后需要对mrna进行富集,并且对其扩增后进行标记。标记的方法有生物素标记、荧光素标记、同位素标记等。
    [0179]
    (2)杂交。杂交可分为预杂交和杂交两部分。当靶分子变性后,用预杂交液与芯片
    [0180]
    预杂交1小时左右(其中cdna和长链寡核苷酸温度设置为42℃,短链寡核苷酸温度设置为50℃)。芯片平台为gpl3050。第二次杂交温度同预杂交,标记好的样品与杂交仓内反应14-18小时。
    [0181]
    (3)洗涤,并且扫描检测荧光信号强度,荧光信号强度即为对应基因的表达量。荧光信号强度转化为表达量的过程为:原始图像文件的栅格处理,然后自动提取图像数据,并且使用表达谱数据库,最后标准化原始数据,得到基因的表达值。
    [0182]
    步骤三、geo数据库下载芯片平台为gpl3050的基因芯片数据,提取表达矩阵中13个基因的表达值,带入患扩张型心肌病风险诊断模型后,根据得到该平台数据风险分数阈值为0.3。
    [0183]
    步骤四、将10个样本的13个基因的表达值带入患扩张型心肌病诊断模型得到每个样本的患扩张型心肌病风险分数,具体如表2所示,而该病人的临床数据显示,与预测结果一致。
    [0184]
    表3患扩张型心肌病风险判定结果
    [0185]
    样本编号风险分数是否判定为病人临床信息gsm824010.37134109否健康
    gsm82402-0.90651479否健康gsm824030.151750868否健康gsm82404-0.389777433否健康gsm82405-0.706935101否健康gsm824110.488101663是扩张型心肌病gsm824121.954197644是扩张型心肌病gsm824131.37527853是扩张型心肌病gsm824141.264599809是扩张型心肌病gsm824151.292429045是扩张型心肌病
    [0186]
    以上所述,仅是本发明实施例的较佳实施例而已,并非对本发明实施例作任何形式上的限制,依据本发明实施例的技术实质所作的任何简单修改、等同变化与修饰,均仍属于本发明实施例技术方案的范围。

    技术特征:
    1.一种扩张型心肌病的诊断标记物,其特征在于,包括基因bcl2l1、bid、calcoco2、casp1、ccl2、cx3cl1、cxcr4、eif4ebp1、grid1、nampt、nlrc4、nrg1和tp63。2.如权利要求1所述的诊断标记物在制备扩张型心肌病诊断产品中的应用。3.一种扩张型心肌病诊断产品,其特征在于,是权利要求1中所述诊断标记物的特异性检测引物。4.如权利要求3所述的扩张型心肌病诊断产品,其特征在于,所述的特异性检测引物包括:bcl2l1基因的特异性检测引物,所述的bcl2l1基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    ttctgggctcccagcct-3’,下游引物:5
    ’‑
    tctgaagggagagaaagagattca-3’;bid基因的特异性检测引物,所述的bid基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    aagcgggtagtcgaccgt-3’,下游引物:5
    ’‑
    gaaccgttgttgacctcacag-3’;calcoco2基因的特异性检测引物,所述的calcoco2基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    tggaggagccaaggacagaa-3’,下游引物:5
    ’‑
    tgggcaggtagtaagctttgaa-3’;casp1基因的特异性检测引物,所述的casp1基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    gaaaagccatggccgacaag-3’,下游引物:5
    ’‑
    cggagtcaatcaaagctcgg-3’;ccl2基因的特异性检测引物,所述的ccl2基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    tcaaactgaagctcgcactct-3’,下游引物:5
    ’‑
    ggggcattgattgcatctgg-3’;cx3cl1基因的特异性检测引物,所述的cx3cl1基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    ctgctggctgcttggaga-3’,下游引物:5
    ’‑
    ccacagactcgtccattccc-3’;cxcr4基因的特异性检测引物,所述的cxcr4基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    gtgactttgaaaccctcagcg-3’,下游引物:5
    ’‑
    tgggctaagggcacaagaga-3’;eif4ebp1基因的特异性检测引物,所述的eif4ebp1基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    caagggatctgcccaccatt-3’,下游引物:5
    ’‑
    aactgtgactcttcaccgcc-3’;grid1基因的特异性检测引物,所述的grid1基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    gagacccccaaggaggacaaag-3’,下游引物:5
    ’‑
    tctggtactcccgtgtcgg-3’;nampt基因的特异性检测引物,所述的nampt基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    ggagcatctgctcacttggt-3’,下游引物:5
    ’‑
    ccccaagctgttatggtactgt-3’;nlrc4基因的特异性检测引物,所述的nlrc4基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    aggcctcactgaaacggaa-3’,下游引物:5
    ’‑
    aaactactcttcattctggctga-3’;
    nrg1基因的特异性检测引物,所述的nrg1基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    gattcctaccgagactctcctc-3’,下游引物:5
    ’‑
    tggaaggcatggacaccgtcat-3’,tp63基因的特异性检测引物,所述的tp63基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    ttgcttttagcctcccggc-3’,下游引物:5
    ’‑
    gggtttctacgaaacgctgga-3’。5.一种扩张型心肌病诊断产品,其特征在于,为诊断试剂盒,该诊断试剂盒中包含权利要求1中所述诊断标记物的特异性检测引物。6.如权利要求5所述的扩张型心肌病诊断产品,其特征在于,所述的特异性检测引物包括:bcl2l1基因的特异性检测引物,所述的bcl2l1基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    ttctgggctcccagcct-3’,下游引物:5
    ’‑
    tctgaagggagagaaagagattca-3’;bid基因的特异性检测引物,所述的bid基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    aagcgggtagtcgaccgt-3’,下游引物:5
    ’‑
    gaaccgttgttgacctcacag-3’;calcoco2基因的特异性检测引物,所述的calcoco2基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    tggaggagccaaggacagaa-3’,下游引物:5
    ’‑
    tgggcaggtagtaagctttgaa-3’;casp1基因的特异性检测引物,所述的casp1基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    gaaaagccatggccgacaag-3’,下游引物:5
    ’‑
    cggagtcaatcaaagctcgg-3’;ccl2基因的特异性检测引物,所述的ccl2基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    tcaaactgaagctcgcactct-3’,下游引物:5
    ’‑
    ggggcattgattgcatctgg-3’;cx3cl1基因的特异性检测引物,所述的cx3cl1基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    ctgctggctgcttggaga-3’,下游引物:5
    ’‑
    ccacagactcgtccattccc-3’;cxcr4基因的特异性检测引物,所述的cxcr4基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    gtgactttgaaaccctcagcg-3’,下游引物:5
    ’‑
    tgggctaagggcacaagaga-3’;eif4ebp1基因的特异性检测引物,所述的eif4ebp1基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    caagggatctgcccaccatt-3’,下游引物:5
    ’‑
    aactgtgactcttcaccgcc-3’;grid1基因的特异性检测引物,所述的grid1基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    gagacccccaaggaggacaaag-3’,下游引物:5
    ’‑
    tctggtactcccgtgtcgg-3’;nampt基因的特异性检测引物,所述的nampt基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    ggagcatctgctcacttggt-3’,下游引物:5
    ’‑
    ccccaagctgttatggtactgt-3’;
    nlrc4基因的特异性检测引物,所述的nlrc4基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    aggcctcactgaaacggaa-3’,下游引物:5
    ’‑
    aaactactcttcattctggctga-3’;nrg1基因的特异性检测引物,所述的nrg1基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    gattcctaccgagactctcctc-3’,下游引物:5
    ’‑
    tggaaggcatggacaccgtcat-3’,tp63基因的特异性检测引物,所述的tp63基因的特异性检测引物包括,上游引物:5
    ’‑
    ttgcttttagcctcccggc-3’,下游引物:5
    ’‑
    gggtttctacgaaacgctgga-3’。7.一种扩张型心肌病诊断产品,其特征在于,为基因芯片,该基因芯片上固载有可用于检测权利要求1的诊断标记物的探针。8.用于指示扩张型心肌病患病风险的评分模型,其特征在于,患扩张型心肌病的风险分数=bcl2l1表达水平*(-1.74465016085385)+bid表达水平*(-0.426832531364825)+calcoco2表达水平*(-3.40520392561273)+casp1表达水平*0.366120801002946+ccl2表达水平*(-0.703078429075756)+cx3cl1表达水平*1.03237963521168+cxcr4表达水平*0.295141755796332+eif4ebp1表达水平*(-0.802018918592322)+grid1表达水平*0.0424498380242608+nampt表达水平*(-1.44512329007694)+nlrc4表达水平*(-0.477050229555532)+nrg1表达水平*0.308879510900307+tp63表达水平*0.220042847400737。

    技术总结
    本发明公开了一种扩张型心肌病的诊断标记物及诊断产品,利用该诊断标记物可以实现对患扩张型心肌病风险的准确判断,本发明能够广泛适用于各种基因表达数据平台。本发明提供了用于指示扩张型心肌病患病风险的评分模型,其利用诊断标记物中的13个基因的表达值带入评分模型后计算得到的风险值,可以实现对患扩张型心肌病风险的准确判断。型心肌病风险的准确判断。型心肌病风险的准确判断。


    技术研发人员:尚敏 孙硕 傅国胜 王耀 黄成琛
    受保护的技术使用者:浙江大学
    技术研发日:2022.01.30
    技术公布日:2022/5/25
    转载请注明原文地址:https://tc.8miu.com/read-23096.html

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