本发明涉及分子标记,尤其涉及一种与吐鲁番黑羊品种鉴定相关的snp分子标记。
背景技术:
1、品种鉴定技术在遗传学和育种学研究中具有重要的应用价值,尤其是在家畜如牛和羊的品种改良、保种及遗传多样性维护中。然而,尽管现有的分子标记技术如微卫星标记(ssr)、单核苷酸多态性(snp)和线粒体dna(mtdna)标记等在品种鉴定中得到了广泛应用,但这些技术仍然存在一些问题和局限性。
2、首先,微卫星标记(ssr)虽然在多态性和遗传距离测量中表现优异,但其检测过程复杂、成本较高,且在不同实验室之间的可重复性较差。此外,ssr标记的分布并不均匀,可能导致在全基因组水平上对某些区域的信息缺失,从而影响鉴定的全面性和准确性。其次,线粒体dna标记在母系遗传方面具有优势,但由于mtdna仅代表母系遗传信息,不能反映个体的全基因组遗传背景,尤其是在需要鉴定父系来源或杂合个体时,其应用价值有限。
3、snp作为一种稳定性好的分子标记,已经成为品种鉴定的主要工具。然而,snp分型也面临着一些挑战。通过传统的pcr测序方法进行snp鉴定的通量太小,信息量相对有限,可能导致对某些具有复杂遗传背景的品种的分辨力不足,无法准确进行品种鉴定。全基因组测序的snp鉴定虽然具有通量高的优势,但是目前成本还是较高。
4、中高通量的液相芯片等技术成为目前进行品种鉴定的主要方法,在山羊、牛等物种中已经开始应用,然而目前吐鲁番黑羊品种的芯片鉴定方法还未研发。
5、吐鲁番黑羊主要产于新疆北部的福海、富蕴、青河等县。是哈萨克羊种的一个分支,以体格大、肉脂生产性能高而著称,是新疆优秀的地方品种绵羊之一,具有耐粗饲、抗严寒、善跋涉、体质结实、早熟、抗逆性强、适于放牧等特性。在终年放牧、四季转移牧场条件下,仍有较强的抓膘能力。
6、新疆本地绵羊以膻味小、肉质优良、适应性强等特性而著称,因而是非常宝贵的遗传资源。然而,随着遗传改良的推广,吐鲁番黑羊的数量正在逐渐减少,因此通过分子遗传学方法对这些遗传资源进行鉴定和保护变得尤为重要。此外,当前市场上存在不少杂交品种和外地品种的羊肉冒充本地品种,以次充好的现象,亟需一种能够快速进行品种鉴定的方法,以建立明确的品种品牌,重塑消费者信心。通过基因(snp)身份证鉴定技术将为吐鲁番黑羊品种鉴定工作提供有力的技术支撑。
技术实现思路
1、本发明的目的在于提供一种与吐鲁番黑羊品种鉴定相关的snp分子标记。
2、为了实现上述发明目的,本发明提供以下技术方案:
3、本发明提供了一种与吐鲁番黑羊品种鉴定相关的snp分子标记,其特征在于,所述分子标记如表2中所示的一种或多种:
4、表2
5、
6、
7、
8、
9、
10、
11、。(表中的内容,例如第一行的数据表明该分子标记位于1号染色体的第2138119位,其脱氧核苷酸为g或t)。
12、在本发明中,所述吐鲁番黑羊品种鉴定相关的性状包括肌肉发育、毛色、肉质、日增重、胸围、产羔数。
13、在本发明中,所述与吐鲁番黑羊品种性状相关的snp标记位于1~26号染色体上,所述染色体记载在https://www.ensembl.org/,编号为gca_000298735.1。
14、本发明还提供了所述的分子标记用于非诊断目的的吐鲁番黑羊品种鉴定中的应用。
15、本发明还提供了所述的分子标记在吐鲁番黑羊辅助育种中的应用。
16、本发明还提供了一种非诊断目的的吐鲁番黑羊品种鉴定和/或吐鲁番黑羊辅助育种的试剂盒,包括检测所述的分子标记的试剂。
17、与现有技术相比,本发明具有如下的有益效果:
18、本发明以重测序检测的snp数据集为基础,提取芯片设计的snp位点的基因型,构建进化树,发现吐鲁番黑羊成簇,与其他品种区分明显,提示本发明在特异snp位点筛选环节比较严谨,准确性高,效果好。
19、通过本发明技术方案筛选出了520个新疆吐鲁番黑羊品种性状相关的snp位点,这些位点特异性强,在其他品种中不存在,且该相应的snp位点具有连锁不平衡现象,与邻近的snp位点在种群中以固定的组合方式遗传。
1.一种与吐鲁番黑羊品种鉴定相关的snp分子标记,其特征在于,所述分子标记如表1中所示的一种或多种:
2.根据权利要求1所述的分子标记,其特征在于,所述吐鲁番黑羊品种鉴定相关的性状包括肌肉发育、毛色、肉质、日增重、胸围、产羔数。
3.权利要求1或2所述的分子标记用于非诊断目的的吐鲁番黑羊品种鉴定中的应用。
4.权利要求1或2所述的分子标记在吐鲁番黑羊辅助育种中的应用。
5.一种非诊断目的的吐鲁番黑羊品种鉴定和/或吐鲁番黑羊辅助育种的试剂盒,其特征在于,包括检测权利要求1或2所述的分子标记的试剂。