本发明属于生物，具体一种鉴别两种马蹄螺的扩增子变异标记及其应用。
背景技术：
1、马蹄螺生活于低潮线至浅海的珊瑚礁岩石上，是珊瑚礁生态系统中的功能物种。
2、马蹄螺属于腹足纲，马蹄螺科，马蹄螺属(rochia)，曾用属名trochus，也曾与属名tectus混用。该属内的rochia nilotica(图1)与rochia maxima(图2)这两个种形态较为相似，很难区分，曾经混为一个种。在成体后形态上存在一定区别，rochia nilotica的壳较厚、重，rochia maxima的壳相对较薄、较轻；rochia nilotica壳高与壳宽大小相近，rochiamaxima的壳高大于壳宽；rochia nilotica的螺底部微凸起较rochia maxima明显。但总体上，从形态上区分这两个物种是比较困难的。
3、随着分子生物学技术和生物信息学的发展，基于dna barcoding技术进行鉴定和分类的研究已成为生物分类学研究中引人注目的新方向和研究热点。同种生物不同生长时期的dna序列信息是相同的，且特定的物种具有特定的dna序列信息，而形态学鉴别特征会因趋同和变异导致物种的鉴定误差，因此，分子标记鉴定其准确性高。线粒体dna已经被广泛用于物种鉴定，特别是线粒体dna中的细胞色素氧化酶i(coi)，更被国际知名学者们建议作为dna条形码，通过它能够方便且快速的鉴定生物物种，并被广泛用于环境dna(edna)检测标记。
技术实现思路
1、本发明的目的之一在于提供一种鉴别两种马蹄螺的扩增子变异标记及其应用。本发明从线粒体coi序列中发掘到一个扩增子变异的标记，能区分rochia nilotica，rochiamaxima。
2、一种鉴别马蹄螺的扩增子变异的标记位于如seq id no.1所示核苷酸序列的第214位的位置，扩增子变异类型为a/g型。
3、在其中一些实施例中，该位点碱基为a，则该马蹄螺物种为rochia maxima。
4、在其中一些实施例中，该位点碱基为g，则该马蹄螺物种为rochia nilotica。
5、该扩增子变异所在区域ta(g)gctgg为种间保守区域(该snp的前1个碱基和后5个碱基)。
6、>seq id no.1
7、tctggctggaaatttggcacatgctggtgcgtcagttgatctagctattttctctcttcatttagcaggggtatcctctattttgggtgctgttaactttattactacggtaattaatatacgttgacatggaatgaagttcgaacgattacctctatttgtttggtctgtaaagattacagcaattttgttgttgttatccttgcctgtatta(g)gctggagccattactatgcttctga cggatcgaaattttaacacatctttttttgatccagccggaggtggggatcctattctgta tcagcatttgttt(下划线碱基为该标记所在的保守碱基)。
8、本发明的另一目的是提供上述的标记在鉴别马蹄螺中的应用，具体的，是在鉴别马蹄螺两个品种rochia maxima和rochia nilotica中的应用。
9、所述的标记位于如seq id no.1所示核苷酸序列的第214位的位置，该位点碱基为a，则该马蹄螺物种为rochia maxima，该位点碱基为g，则该马蹄螺物种为rochianilotica。
10、本发明的另一目的是提供一种鉴别马蹄螺的方法，通过对马蹄螺线粒体细胞色素氧化酶i基因进行检测，根据位于如seq id no.1所示核苷酸序列的第214位的位置的基因型来判断马蹄螺种类。
11、在所述的鉴别方法中，位于如seq id no.1所示核苷酸序列的第214位的位点碱基为a，则该马蹄螺物种为rochia maxima，该位点碱基为g，则该马蹄螺物种为rochianilotica。
12、所述鉴别使用的检测方法包括直接测序、特异性探针杂交法、特异性引物延伸法或pcr法。
13、本发明的另一个目的是提供上述的鉴别方法在鉴别马蹄螺两个品种rochiamaxima和rochia nilotica中的应用。
14、本发明具有以下有益效果：
15、马蹄螺生活于低潮线至浅海的珊瑚礁岩石上，是珊瑚礁生态系统中的功能物种。马蹄螺属(rochia)内的两个物种rochia nilotica与rochia maxima的形态极为相似，经常混为一个种，从形态上区分这两个物种比较困难。本发明发现，在马蹄螺线粒体细胞色素氧化酶i基因如seq id no.1所示核苷酸序列的第214位的位置存在扩增子变异标记，能区分rochia nilotica，rochia maxima。该位点碱基为a，则该马蹄螺物种为rochia maxima，该位点碱基为g，则该马蹄螺物种为rochia nilotica，适用于无实物样本时从edna序列鉴别这2个物种，或实物形态无法区分它们时。
1.一种鉴别马蹄螺的扩增子变异的标记，其特征在于，所述的标记位于如seq id no.1所示核苷酸序列的第214位的位置，扩增子变异类型为a/g型。
2.根据权利要求1所述的标记，其特征在于，该位点碱基为a，则该马蹄螺物种为rochiamaxima；该位点碱基为g，则该马蹄螺物种为rochia nilotica。
3.根据权利要求1所述的标记，其特征在于，该扩增子变异所在区域ta(g)gctgg为种间保守区域。
4.权利要求1-3任一项所述的标记在鉴别马蹄螺中的应用。
5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，是在鉴别马蹄螺两个品种rochia maxima和rochia nilotica中的应用。
6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述的标记位于如seq id no.1所示核苷酸序列的第214位的位置，该位点碱基为a，则该马蹄螺物种为rochia maxima，该位点碱基为g，则该马蹄螺物种为rochia nilotica。
7.一种鉴别马蹄螺的方法，其特征在于，通过对马蹄螺线粒体细胞色素氧化酶i基因进行检测，根据位于如seq id no.1所示核苷酸序列的第214位的位置的基因型来判断马蹄螺种类。
8.根据权利要求7所述的鉴别方法，其特征在于，位于如seq id no.1所示核苷酸序列的第214位的位点碱基为a，则该马蹄螺物种为rochia maxima，该位点碱基为g，则该马蹄螺物种为rochia nilotica。
9.根据权利要求7所述的鉴别方法，其特征在于，所述鉴别使用的检测方法包括直接测序、特异性探针杂交法、特异性引物延伸法或pcr法。
10.权利要求7-9任一项所述的鉴别方法在鉴别马蹄螺两个品种rochia maxima和rochianilotica中的应用。
