本发明属于动物疫病的基因检测,具体涉及一种检测猪肺炎支原体的raa引物对和探针组合及试剂盒,即提供一种快速检测猪肺炎支原体的重组酶介导等温扩增(recombinase-aided amplification,raa)的引物对和探针,以及使用该引物对和探针的试剂盒。
背景技术:
1、猪支原体肺炎(mycoplasma pneumonia of swine,mps),也被称为猪地方性肺炎、猪气喘病,是由猪肺炎支原体(mycoplasma hyopneumoniae,mhp)引起的猪的一种高发病率,低死亡率的慢性呼吸道传染病。mps仅感染猪,不分品种、年龄和性别,尤以哺乳猪和断奶仔猪最为易感,发病率和死亡率均较高,妊娠后期母猪和哺乳期母猪也易感,育肥猪较少发病,常表现为慢性感染和隐性感染。mps的流行与存在长期困扰着世界各地养猪业的健康发展,给世界养猪业带来了十分严重的经济损失。目前,对于mps的防控通常采用的方法是提高饲养管理水平,建立完善的生物安全体系。因此,对于该该病原早期诊断和实时监测对于该病的防控至关重要,对养猪业发展和持续健康发展具有重要意义。
2、重组酶介导等温扩增技术(recombinase-aided amplification,raa)是一种新型的等温体外核酸扩增技术。该技术通过利用重组酶,单链结合蛋白(single stranddnabinding protein,ssb)和dna聚合酶可以在37-42℃恒温条件下实现核酸的快速扩增,适用于临床现场的快速诊断,是一项具有我国自主知识产权,在核酸检测领域具有推广应用前景的等温扩增技术。
3、然而,raa技术对于探针以及引物的设计具有十分严格的要求。引物是决定raa反应灵敏度的关键因素,不适合的引物对会严重影响反应的灵敏度,导致漏检临床中的阳性样本。而探针则是raa反应特异性的关键因素,不适配的探针会产生非特异性的荧光,产生假阳性;而不保守的探针则也会导致临床中阳性样本的漏检。因此对于该技术引物和探针的设计是raa技术在临床上应用的主要限制因素。
4、值得注意的是,通过设计exo探针将fam荧光基团加入反应体系,可以借助便捷式蓝光仪器在相应的激发波长下实现对扩增产物的可视化检测。该技术具有成本低廉,灵敏度强,重复性好,操作简单,结果可视化等优点,适用于核酸快速检测领域,尤其是在资源有限的环境、基层和现场即时检测等场景。
技术实现思路
1、本发明的目的是提供一种检测猪肺炎支原体的raa引物对和探针组合及试剂盒,以完成mhp的简单、快速、灵敏、特异性检测。
2、本发明首先提供一种检测猪肺炎支原体的raa引物对和探针,其序列信息如下:
3、mhp-p46-f:5′-tttgtaacaattactggacttactaaaattgtatt-3′(seq id no:1);
4、mhp-p46-r:5′-agttgctgttgaagttcttcgggttttaat-3′(seq id no:2);
5、mhp-p46-probe的序列如下:
6、5′-ggtagctttgcttttagttcgttttcgacttttgatctagatgcttta-3′(seq id no:3);
7、所述探针mhp-p46-probe自5′端起第31位碱基t标记fam发光基团,第32位碱基t被四氢呋喃thf代替,第33位碱基t标记bhq1淬灭基团,3′端进行c3-spacer阻断修饰。
8、本发明提供的引物对和探针可用于制备用于检测猪肺炎支原体的试剂盒;
9、本发明再一个方面还提供一种检测猪肺炎支原体的raa试剂盒,所述的试剂盒包括有上述的raa引物对和探针。
10、所述的试剂盒还包含适宜于重组酶介导等温扩增反应的试剂体系,以及荧光基础反应单元。
11、所述试剂体系包括反应缓冲液、去核酸酶水和醋酸镁。
12、所述荧光基础反应单元包含单链dna结合蛋白、重组酶和聚合酶。
13、本发明所提供的检测猪肺炎支原体的raa引物对和探针可以特异性和高灵敏性的检测猪肺炎支原体,使用引物对和探针的检测试剂盒可以通过便携式蓝光仪进行肉眼可视化判断,能够真正实现便携式可视化快速核酸检测,具有简单快速、反应灵敏、特异性好的特点,具有广阔的应用前景。
1.一种检测猪肺炎支原体的raa引物对和探针,其特征在于,所述的引物对,其上游引物的序列为seq id no:1,下游引物的序列为seq id no:2,探针的序列为seq id no:3。
2.如权利要求1所述的引物对和探针,其特征在于,所述的探针的5′端起第31位碱基t标记fam发光基团,第32位碱基t被四氢呋喃thf代替,第33位碱基t标记bhq1淬灭基团,3′端进行c3-spacer阻断修饰。
3.权利要求1或2所述的引物对和探针在制备用于检测猪肺炎支原体的试剂盒中的应用。
4.如权利要求3所述的应用,其特征在于,所述的试剂盒为raa试剂盒。
5.一种检测猪肺炎支原体的raa试剂盒,其特征在于,所述的试剂盒包括有权利要求1或2所述的引物对和探针。
6.如权利要求5所述的raa试剂盒,其特征在于,所述的试剂盒还包含适宜于重组酶介导等温扩增反应的试剂体系,以及荧光基础反应单元。
7.如权利要求6所述的raa试剂盒,其特征在于,所述的试剂体系包括反应缓冲液、去核酸酶水和醋酸镁。
8.如权利要求6所述的raa试剂盒,其特征在于,所述的荧光基础反应单元包含单链dna结合蛋白、重组酶和聚合酶。
